纯化水制备系统是用于满足各行业需求制取纯化水的设备，多用于医药、生物化学化工、医院等行业。原水水质应达到饮用水标准，方可作为制药用水或纯化水的起始用水。如果原水是井水，则有机物负荷不会很大；如果是地表水(湖水、河水或水库水)可能含有较高水平的有机物，并且有机物的组成和数量可能受季节变化影响；市政供水(自来水)通常是经过氯处理的，在去除氯之前，其中微生物的含量是比较低的，并且其生长通常是受到抑制。
纯化水制备系统通常情况下纯化水制备系统的配置方式根据地域和水源的不同而不同，纯化水制备系统应根据不同的原水水质情况进行分析与计算，然后配置相应的组件来依次把各指标处理到允许的范围之内。目前纯化水制备系统的主要配置方式如下，但并不局限于只有这几种。
井水→饮用水→预处理→一级反渗透+双级反渗透→储存和分配
地表水→饮用水→预处理→一级反渗透+EDI→储存和分配
市政水→饮用水→预处理→双级反渗透+EDI→储存和分配
其他水→饮用水→预处理→一离子交换+后处理→储存和分配
如果原水达不到饮用水标准，那么就要将原水首先处理到饮用水的标准，在进一步处理成为符合药典要求的纯化水。纯化水系统需要定期的消毒和水质的监测来确保所有使用点的水符合药典对纯化水的要求。
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