机械过滤器的选择是根据系统的总进水量来选择过滤器的大小和组合模式(如果一个机械过滤器不够，可以选择多个并联使用和备用数量)。例如，系统的总进水量是根据反渗透系统的水回收率和系统产水量的比值来确定的。
机械过滤器中的填料由许多不同粒径的精制石英砂严格按照从大到小的顺序配置，从而形成良好的石英砂级配。过滤器刚投入使用时，过滤效果往往不是很好，因为过滤器一开始没有形成架桥。所谓架桥，是指由水中悬浮物组成的拦截网，拦截相当于其粒径的悬浮物，然后拦截粒径较小的悬浮物，形成先拦截大颗粒物，再拦截小颗粒物的反粒度过滤过程。
一旦过滤器形成桥梁，过滤效果非常好。随着投入运行时间的延长，过滤精度越来越高，拦截网越来越厚，进出口压差越来越大。当压差达到1kg/cm2时，应对过滤器进行反冲洗。在反冲洗过程中，最好配备压缩空气擦洗石英砂。一般工程经验是，直径小于mm的机械过滤器不需要压缩空气；直径大于mm的机械过滤器必须用压缩空气擦洗，才能达到满意的清洗效果；反冲洗流量一般是过滤器设计容量的3-4倍。
老式机械过滤器大多采用大鹅卵石作为基础垫层，底部用凸钢板均匀打透水孔，使布水不均匀，容易产生中心过滤率大、边缘过滤率小；过滤器反洗时，石英砂混合层不可避免地会泄漏到下级管道和精密过滤器中，对精密过滤器和反渗透装置构成严重威胁。
经过不断的实践和实验，许多制造商对机械过滤器进行了改进。布水装置采用多孔板安装特殊形式的ABS水帽。这种ABS水帽具有不同的双向输出功能，即运行时输出小，反洗输出可以增加几倍，使正洗时过滤器的布水更加均匀彻底，大大提高了出水质量。
为防止运行或反洗时有细砂透过滤器，ABS水帽的透过间隙很小，一般在0.1-0.2mm左右。值得注意的是，在填充过滤器填料的过程中，必须在过滤器中注入一定量的水，以防止大石英砂打碎ABS水帽；在安装水帽的过程中，不要穿硬鞋，以防止踩坏ABS水帽。机械过滤器配有反洗水进口限位蝶阀，控制和调节反洗水流量。反洗强度应使滤层膨胀15-25%，反洗压缩空气强度一般为10-18L/S.m2。如无压缩空气，可考虑使用罗茨风机。
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