1.首先，反渗透系统上的待清洗膜元件用性能优异的备用膜元件代替，确保反渗透系统不停止运行，整个生产过程持续稳定。
2.反渗透膜性能测试：
分别测试各膜元件的性能指标，包括：脱盐率、产水量、压差、重量等，并记录试验前的脱盐率、产水量和压差试验条件：满足不同类型膜制造商提供的标准。
3.系统清洗前了解系统运行状况;
4.收集运行反渗透系统的参数指标，做好原始记录；
5.根据用户原水分析报告、性能测试结果和系统信息判断清洗过程；
6.污染物鉴定。首先根据3.初步确定5的分析结果，然后进一步验证特殊设备和器具，确定具体污染物类型。
7.根据5.6.分析结果，确定所需的清洁配方。当RO在确定膜上的污染物后，我们可以选择膜制造商提供的一系列配方，选择更合适的一两种配方；或选择特殊配方（当RO当膜被特殊污染物污染时，使用普通配方效果较差，或从经济角度来看，特殊配方更经济）。国内外有外反渗透膜元件的专用药剂很多。
8.在反渗透专用清洗设备上，采用上述清洗剂结合物理处理进行实验性清洗，选择合适的清洗配方和清洗程序；
9.确定清洗方法，处理上述所有膜元件；
反渗透膜清洗的区别在于清洗周期不同。然而，在线清洁作为一种反渗透清洁和维护、冲击杀菌和定期保护手段，在面对反渗透膜元件的严重污染时显得无能为力。此时，需要离线清洁反渗透膜元件。
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