膜污染是指水中的微粒、胶体粒子或溶质大分子与膜表面发生物理化学作用或机械作用，造成污染物在膜表面或孔道内吸附、沉积引起膜孔径变小或堵塞，最终导致膜性能下降、分离效率降低的现象。
影响反渗透膜污染的因素主要有三方面：膜自身性质，进水水质以及操作条件。操作条件包括温度、压力、pH值、回收率、添加阻垢剂等。
膜自身性质是影响膜污染的重要因素。研究结果表明，膜表面电荷、膜表面粗糙度、膜的亲水性能是膜材料影响膜污染的三个主重要方面。一般情况下，膜表面电荷越接近中性，膜越不易吸附带电荷杂质，越不易被污染。膜表面粗糙度越大越易吸附污染物形成污垢，但会促进水流处在紊流状态，降低膜表面的浓差极化现象，反而越有利于减缓膜通量降低。疏水性膜有利于去除无机盐，但不利于去除有机物，相对于亲水性膜更容易被污染。
进水水质对膜污染因污染物种类与浓度而异，如微生物污染首先是有机物在膜表面吸附，改变膜表面形态，随后微生物被吸附到膜表面并在膜面生长，最后微生物代谢产物胞外聚合物在膜表面形成生物膜，导致膜污染。而胶体通常被截留在膜表面，形成半角书或双分子层的污垢导致膜污染。另外，污染物的浓度越大，污染越易形成。因此对反渗透进水需进行严格控制。一般规定污染指数(SDI)小于5，总有机碳含量(TOC)小于2mg/L，细菌含量小于cfu/mL，余氯小于0.1mg/L等指标来控制污染物进入反渗透系统。
操作条件：
一、温度。
升高温度有利于降低液体粘度系数，减小溶剂透过反渗透膜的阻力，提高产水量。温度每改变1℃，产水量约改变3%。但温度越高，膜材料结构越不稳定，升温加速膜的水解，缩短膜使用寿命。因此，一般控制反渗透膜运行温度不超过45℃。
二、压力。
压力增加，水的渗透速度加快，产水量增加。但升高压力，胶体在膜表面沉积速率加快，膜通量下降也越快。
三、pH值。
pH值影响膜表面有机官能团和膜的带电性能。当pH值较高时，有机官能团和膜表面带负电荷，有机物分子之间及有机物分子与膜之间静电排斥，此时有机物分子不易在膜表面沉淀，膜污染速度减缓；反之，膜表面易形成有机物污染。但较低的pH值有利于减缓无机盐类结垢。
四、回收率。
提高系统回收率是提高产水量的重要手段，但过高的回收率会降低浓水流量，导致系统给水/浓水侧水量湍流程度降低，使得污染物更容易在膜表面堆积、沉淀。而且，过高的回收率会提高浓水的浓缩倍数，使污染物溶度增大，加速膜的污染。
五、添加阻垢剂。
阻垢剂是缓解给水/浓水结垢的重要手段之一，常用的阻垢剂主要有有机磷酸盐、聚羧酸类和绿色阻垢剂等类型。通过离子螯合、分散功能以及晶格变形效应，阻垢剂可以提高污染物在给水/浓水中的溶解量，降低污染物尤其是晶体污染物的生长速度，减缓膜污染进程。
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