纯化水制水系统的主机运行模式，可在HMI上选择各种运行模式（有关各程序步骤请参见程序流程图）。循环冲洗：当系统以间歇模式运行时，会有一段时间系统不生成纯水。如果管道中的水保持静止则会增加微生物滋生的危险。为了尽量降低此危险，系统将在纯水罐满之后自动转换到循环模式。阀门(AV、AV、AV)关闭，而后水通过阀门(AV)进行循环。如果在循环过程中，通过电导仪(CE)监控的电导率上升到设定值以上（可通过HMI设定），则自动将水从阀门(AV)排放。当纯水罐中的液位降低之后，系统返回正常运行模式。
采用间歇式冲洗模式取代循环冲洗模式，系统可设定为在一定时间间隔进行冲洗。在此模式中，系统在经过一段可调节设定的闲置期后自动启动并通过阀门(AV)自冲洗15分钟，并将冲洗水排放入排水系统。而后系统返回到待机模式。冲洗：反渗透压力容器（RO-ROB）的浓水侧，矿物盐会在此沉积。因为当系统突然关闭时软化水将停留在压力容器中，所以其中的任何颗粒都会沉淀到膜上，同时溶解盐将会从软化水中结晶出来。这将会给系统性能带来负面影响甚至损坏膜。为了避免此类事情的发生，系统具有冲洗功能，可在反渗透装置开关时自动冲洗膜的浓水侧。如出现“RO淡水电导率太高”等报警或在“间歇漂洗模式”下运行时在经过预先设定的闲置期后，系统也会启动冲洗程序。将通过阀门(AV)对反渗透装置进行冲洗。最后通过阀门(AV)将系统压力释放。质量：为了保证水中的良好微生物质量，即使储罐液位满之后整个系统也保持活动。在此阶段系统通过连续循环，以保证可对纯化水制备系统和储罐之间的管道可以持续冲洗。
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