反渗透膜元件是一种深层过滤方式，反渗透膜元件表面难免会有胶体、微生物、杂质颗粒和不溶性盐类沉淀在其表面。因此，各个领域使用的反渗透装置一旦投入使用，最终都需要进行清洗，只是清洗周期长短不同而已。
一般来说，由有机物引起的膜系统故障占所有系统故障的60%～80%。进水中的有机物吸附在膜元件表面，会造成通量损失。在许多情况下，膜表面形成的吸附层作为水中溶解盐类的另一道分离屏障，堵塞膜通道，导致膜系统被有机物污染。
以下清洁程序专门用于清洁存在有机物质（例如腐殖酸和富里酸、阻垢剂或油）的污染膜系统。一般推荐采用以下六步清洗有机物污染的膜元件，这六步清洗需要重复进行，一个用于高pH清洗液，一个用于低pH清洗液。
1.按下表配制清洗液：
2、低流量输入清洗液
清洗泵在混合清洗液、预热清洗液和用清洗液置换元件中的原水时，是在低流量、低压的工况下进行的，所需要的压力只需足够以弥补进料浓缩的压力损失。
3.流通
更换原水时，清洗液应出现在浓水管路中，清洗液可循环回清洗液罐30分钟。如果清洗液的颜色仍然发生变化，请将清洗液倒掉，并按照步骤1配制新的清洗液。
4.浸泡
停止清洗泵的运行，让反渗透膜元件完全浸入清洗液中。浸泡时间约1~15小时（浸泡一夜效果更佳）。为了保持浸泡过程的温度，可以使用较低的循环流量。浸泡时间取决于污染的严重程度。对于轻度污染，浸泡1~2小时即可。
5.大流量泵循环
高流量循环30分钟。高流速冲走清洗液去除的污染物。在高流量条件下，会出现压降过大的问题，单个元件的最大允许压降为1bar（15psi），多元件压力容器的最大允许压降为3.5bar（50psi）。
6.漂洗
除非有腐蚀问题（例如静止的海水会腐蚀不锈钢管），否则可以使用合格的预处理流出物冲洗清洗液。为防止沉淀，最低冲洗温度为20℃，系统冲洗时间为1小时左右。
7.用pH2HCl溶液重复步骤2到步骤6
8.重启系统
需要等待各部件和系统稳定下来，重启系统后再记录运行参数。清洁后系统性能恢复稳定的时间取决于之前的污染程度。
附加信息：
(1)为了使清洗效率最大化，清洗液的温度必须高于25℃。升高的温度有助于清洁溶液从膜表面去除有机污染物。
(2)一些有机物如油污很难清洗，为了去除它们，尝试不同的清洗浸泡时间以获得最佳效率。此外，最有效的清洁溶液通常含有表面活性剂，如Na-SDS，或者一些商业清洁剂含有有助于去除油污的表面活性剂和清洁剂。请咨询化学品供应商。
(3)如果有机物污染是由于前处理部分加入过多的絮凝剂造成的，先用酸性清洗液再用碱性清洗液比较有效。为了确定清洗溶液的正确顺序，尝试获取系统污染物的样本，并定性地确认哪种顺序更适合样本。如果效果相当，通常先用高pH清洗液清洗有机物更为合适。
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