反渗透清洗分为反渗透在线清洗与反渗透离线清洗。
反渗透膜元件中常见的污染物主要有CaCO3、CaSO4、BaSO4、SrSO4、金属氧化物、硅沉积物、有机物和生物黏泥。当阻垢剂投加系统或加酸系统出现故障时，CaCO3有可能沉积在膜元件中，应采取化学清洗的方法进行循环清洗或通宵浸泡。
如果是因为反渗透膜被阻塞而需要清洗，那么用ProtecMBC反渗透清洗剂（是一种酸性低泡沫，适用于所有品牌的芳香聚酰膜，用于去除金属氢氧化物，碳酸钙和其它类型的结垢）。可以解决绝大多数问题。
把袋装的化学试剂送入消毒口，然后启动清洗循环（持续90分钟），清洗循环结束后，系统自动进入待机（StandBy）模式。
此清洗循环操作不要定期进行，建议当系统的流速明显下降时——这表明反渗透膜被阻塞了，需要进行清洗循环操作。
反渗透专用杀菌剂ProtecMBC，也从消毒口投入。它在中性或者酸性液体环境中会生成次氯酸，能有效地杀灭细菌。建议每四周进行一次氯试剂消毒。
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