如果要选择一个好用的反渗透膜清洗剂，说明物理清洗效果不大，需要使用化学清洗。当膜污染严重，用物理方法无法恢复通量时，就必须用化学清洗剂清洗。
酸性反渗透清洗剂一般用于无机盐垢、金属氢氧化物和碳酸钙。碱性反渗透清洗剂一般用于硫酸盐和附着在膜表面的有机物、污泥等颗粒，适用于芳香聚酰胺反渗透膜、中空纤维膜、纳滤膜和超滤膜。但是需要注意的是，不要等到膜污染非常严重的情况下才可以清洗膜，这样会增加清洗的难度，增加清洗的步骤，延长清洗的时间。
碱性反渗透膜清洗剂：主要用于去除附着在膜表面的有机物、污泥等颗粒。适用于芳香族聚酰胺反渗透膜、中空纤维膜、纳滤膜、超滤膜。
酸性反渗透膜清洗剂：主要用于去除金属氢氧化物、碳酸钙等水垢。优异的清洗效果可以延长膜的运行时间。适用于所有芳香聚酰胺膜和醋酸膜，
各种膜都要慎重选择反渗透膜清洗剂，防止反渗透膜清洗剂选择不当损坏膜。反渗透膜清洗剂还用于防止微生物、细菌和有机物的污染等。
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